Il y a 140 ans, Kyôto était pris dans le tourbillon mouvementé de la fin de l'ère Edo, une époque d'ouverture sur le monde, marquée notamment par l'embarquement des "navires noirs" dirigés par le commandant Perry.
Un homme appelé Battosaï Himura vivait alors à Kyôto. Avec le temps, il devint une véritable légende : on le surnomma "Battosaï l'assassin".
Cet homme, l'un des principaux acteurs de la nouvelle ère Meiji mais aussi un des assassins les plus importants de l'époque, disparut dès la fin de la guerre civile.
Cette histoire commence en 1878 à Tôkyô.
Volume 1 : kenshin, dit Battosaï Himura
Kenshin Himura, notre héros, porte un sabre à lame inversée, ce qui lui interdit de tuer. Son pseudonyme est Battossaï Himura, le plus célèbre assassin de tous les patriotes qui ont contribué à la restauration Meiji. Après l'avènement de Meiji, Kenshin est devenu un vagabond. Cependant, il loge temporairement au dôjô Kamiya, après avoir mis en déroute les frères Hiruma et résolu ainsi "l'affaire du faux Battosaï". Au cours de cette histoire, le dôjô Kamiya aperdu tous ses disciples, mais depuis l'arrivé de Yahiko Myôjin, un jeune issu de la caste des samouraïs, sauvé des yakuza par Kenshin, le dôjô peut espérer renaître. Malheuresement, sitôt sorti de prison, les frères Hiruma tentent de nouveau d'obtenir le terrain du dôjô. Ils engagent Sanosuké Sagara, une sorte de mercenaire, pour se débarrasser de Kenshin. Malgrès ses réticences, Sanosuké accepte la mission en raison de sa haine pour les anciens patriotes. Kenshin relève le défis contre son gré. Le combat se déroule en présence de Kaoru, de Yahiko et des frères Hiruma.